Rodzina Beksińskiego związana była z Sanokiem od kilku pokoleń. Jeden z przodków malarza, Mateusz był założycielem w roku 1832 Zakładów Kotlarskich, które dały początek późniejszej fabryce wagonów i autobusów w Sanoku. W czasie wojny uczęszczał do sanockiej szkoły handlowej "Polnische Offentliche Handelsschule", jednocześnie pobierając edukację w tajnym gimnazjum. Uczył się wówczas także gry na fortepianie. Zdał maturę w 1947 roku, w klasie o profilu matematyczno-fizycznym Gimnazjum Męskiego w Sanoku, i rozpoczął studia na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej. Po ukończeniu tych studiów w 1952 roku, zobowiązany ówczesnymi przepisami o nakazie pracy, nadal mieszkał w Krakowie, a później także w Rzeszowie.

W 1955 roku, po kilku latach pracy w budownictwie^[1], powrócił wraz z żoną do Sanoka. Tam od 1959 roku do początku lat 70. pracował jako stylista, określany wówczas jako plastyk w Dziale Głównego Konstruktora Sanockiej Fabryki Autobusów "Autosan", założonej przez Mateusza Beksińskiego, pradziada artysty. Opracował tam stylistykę takich prototypowych autobusów i mikrobusów jak: SFW-1 Sanok, SFA-2, SFA-3, SFA-4 Alfa (1964) i SFA-21. Tworzone przez niego projekty wyróżniały się m.in. nowatorską stylizacją, przeszkleniem oraz wprowadzaniem rozwiązań ergonomicznych. Ostatecznie Beksińscy zdecydowali się opuścić Sanok latem 1977 roku, po decyzji władz miasta o rozbiórce rodzinnego domu Beksińskich. Twórca wraz z żoną i synem przeniósł się do Warszawy i tam mieszkał przez resztę życia.

Jego syn, Tomasz, popełnił samobójstwo w 1999, a żona, Zofia, zmarła po ciężkiej chorobie.

Beksiński został zamordowany w swoim mieszkaniu w Warszawie w nocy z 21 lutego 2005 na 22 lutego 2005 roku, na kilka dni przed swoimi 76. urodzinami. Zabójcą okazał się 19-latek z Wołomina, którego ojciec, matka, siostry, a także on sam od lat pracowali dla artysty, zajmując się dokonywaniem drobnych napraw i sprzątaniem. Motywem morderstwa było odmówienie przez Beksińskiego skromnej pożyczki. Zabójca zadał malarzowi siedemnaście pchnięć nożem, po czym razem ze swoim 16-letnim kuzynem wyniósł ciało na balkon i usiłował zatrzeć ślady zbrodni (m.in. zacierając ślady krwi), ukradł także z mieszkania dwa aparaty fotograficzne i płyty CD. Sprawcy zostali zatrzymani przez policję dwa dni po zabójstwie. Skazano ich w listopadzie 2006 – morderca otrzymał wyrok 25 lat więzienia, natomiast jego 16-letni kuzyn, za "psychiczną pomoc w zabójstwie", 5 lat więzienia. Obrońca sprawcy złożył apelację. 16 maja 2007 roku sąd utrzymał w mocy wyrok sądu I instancji.